물류센터가 있는 용인 사업자 명의로 세금을 신고했다 세무 당국으로부터 추가로 과세 처분이 내려진 이베이코리아가 최종 패소했다. 이커머스 물류센터가 본점과 따로 사업자등록이 되어 있어도 실제 용역을 제공받은 것이 본점인 만큼 이 곳에서 세금을 신고해야 한다는 취지다.
대법원 1부(주심 오경미 대법관)는 이베이코리아가 용인세무서장을 상대로 낸 가산세부과처분취소 청구 상고심에서 원고 패소 판결한 원심을 확정했다고 18일 밝혔다.
이베이코리아는 지난 2000년 서울 강남구 역삼동을 주소지로 사업자 등록을 한 뒤, 2015년 물류센터가 있던 용인시에도 추가로 사업자등록을 했다.
이베이코리아는 한 물류회사와 2014년 6월부터 2016년 5월 31일까지 물류 계약을 맺고 물류 업무를 위탁했는데, 2015년 8월 물류대행 수수료율 인상에 따라 발생한 정산수수료 12억원을 요청했다.
문제는 이베이코리아가 용인사업장 명의로 세금계산서를 받아 신고하면서다. 이베이코리아는 2015년 12월 용인세무서에 사업장 소재지를 용인시 소재 물류센터로 사업자 등록을 내고 본점 관할 역삼세무서에 사업자 단위 과세 사업자 등록을 신청했다. 그리고 2015년 12월 약속된 정산수수료 12억원에 대한 전자세금계산서를 받아 제출했다.
이베이코리아는 용인세무서에 부가가치세 확정 신고를 하면서 12억원 세금계산서에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제해 환급세액 1억7050만원으로 신고했다.
이에 대해 용인세무서는 정산수수료가 용인사업장이 아닌 본점(역삼) 사업장의 매입에 해당하므로 본점이 아닌 용인사업장의 세금계산서는 '공급받는 자'가 달라 사실과 다른 세금계산서라고 판단했다. 그 결과 환급세액을 4653만 원으로 감액하고 세금계산서 불성실 등의 가산세 3718만 원을 부과했다.
이에 이베이코리아는 용인세무소에 '2018년 7월 11일 이베이코리아에게 한 2015년 제2기 부가가치세에 대한 가산세 3700여만원을 취소해달라'며 소송을 냈다.
이 사건은 본점이 있음에도 실제로 용역이 이뤄진 물류센터가 '공급받은 자'로 세금계산서를 교부받아 신고한 것이 정당한 지가 쟁점이 됐다.
1심과 2심은 "가산세 부과처분은 정당하다"며 용인세무서 손을 들었다. 대법원 역시 "용인에 물류센터가 있다하더라도 물류대행서비스 계약을 체결하고 용역을 공급받은 사업장은 이베이코리아 역삼 본점이지 용인사업장이 아니다"라며 "'공급받는 자'를 용인사업장으로 해서 작성된 세금계산서는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다"고 봤다.
yjjoe@fnnews.com 조윤주 기자
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